ChemDraw Pro adiciona funcionalidades tais como propriedades para consulta química, a capacidade de criar e editar modelos e apelidos, em relação Estereoquímica, ISIS/Sorteio-Compatibilidade, a Expansão de Estruturas Genéricas, Placa de TLC Ferramenta, o novo desenho à mão Livre Ferramenta Caneta, a Fragmentação de Ferramentas, PolymerDraw, ChemProp, Estrutura, Limpeza, cálculo de Topológico Polar de Área de Superfície e a capacidade de ler e escrever de uma ampla variedade de química formatos de arquivo para o ChemDraw Std.
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